RNA 的三级结构单元
RNA 的三级结构是指二级结构单元间的相互作用及二级结构单元的空间定位取向。图 3(a)和(c)示出了 tRNAphe 中两个环间的空间碱基配对,这两个碱基对为反式 Watson-Crick 构型,因其两个碱基所处的两条核苷酸链相互平行。图 3(b)所示为双螺旋区的一对碱基与环上一个
残基形成的碱基三联体,这些空间的碱基堆集作用是稳定 RNA 三级结构的主要作用力。
另外一种三级结构单元假结是目前人们研究的一个热点。图 4 示出了芜菁黄叶病毒 RNA 中的一个假结的二级结构。假结就是当发夹结构以外的碱基与处于发夹环上的碱基配对时,形成了另外一个与之相连的发夹结构,整个结构象是打了个结。假结中 2 个无规环的大小由所跨越的
双螺旋的长度及其所处的大沟或小沟的宽度而定,在 2 个双螺旋的连接处稍偏离 A 型构象。一个可形成假结的核苷酸链同时也可形成一个 5'发夹结构或 3'发夹结构,在 Mg2+存在下,假结的稳定性大于相应的发夹结构,但若减少无规环区的残基数,可能导致发夹结构稳定性增加。