北京大学蛋白质分子设计系统

虽然蛋白质分子设计是生物工程中必不可少的一个环节，国际或国内也都进行了大量的工作，但迄今为止尚没有一个完整的分子设计系统，多为孤立的、互不相通的程序或数据库，给蛋白质分子设计工作造成了很大的不便。因此我们着手研制了一个蛋白质分子设计系统，力图将我们自行研制的程序、第二代数据库和引进的程序与数据库统一到一个系统中来，一方面便于成果推广，另一方面也为用户更快更好地进行蛋白质的分子设计提供了方便。

北 京 大 学 蛋 白 质 分 子 设 计 系 统 （ PEPMODS ： PekingUniversityProteinMolecularDesignSystem）立足于集中现有的各种蛋白质结构预测和分子设计的方法，尽可能多地为用户提供方便。鉴于目前蛋白质的结构预测和分子设计方法主要是在现有结构数据的基础上进行的分层次的预测和计算，因此将整个分子设计系统分为两大部分——蛋白质结构信息相关数据库和蛋白质分子设计程序包。蛋白质结构信息相关数据库是在引进数据源的基础上自行研制的高分支相关数据库，可方便地对于蛋白质、核酸和多肽的序列及结构信息进行查询，还具有多种结构比较和描述的功能，为蛋白质的分子设计提供了可靠的基础。蛋白质分子设计程序包包含有自行研制的及引进的各种蛋白质结构预测和分子设计程序，主要按照蛋白质分子设计的层次分为序列分析、二级结构预测、同源蛋白质结构预测、蛋白质突变体结构预测、蛋白质的性能预测和蛋白质的分子设计六个部分，可以较为全面地为蛋白质的分子设计提供服务。

整个分子设计系统设计成菜单驱动式，用户可以很方便地从菜单上选择自己所需要的功能。蛋白质分子设计系统 VAX 版本以 VAX-11VMS 操作系统为依托，主要由 FORTRAN 和 C 语言写成。要求机器内存大于 8MB， 硬盘大于 400MB，其中硬盘的容量可以根据用户对数据库的不同需求而进行调整。由于目前蛋白质结构、功能预测及分子设计还远未完善，因此， 北京大学蛋白质分子设计系统也需要进一步的发展、补充和完善。