辽东兵变

尚膳监监丞高淮出任辽东税使，恣横不法，每开马市，强夺好马，逼令驻军以高价购买次马，吏民稍不合意，全家受累。他甚至调动兵将，干预军事。万历三十一年（1603）夏，高淮率家丁三百人，打出将军旗号，击鼓鸣金，扬言要入京谒见皇帝。该队驻扎广渠门外，京师大为震惊。大臣们说， 高淮擅离职守，挟兵潜往京师，是数百年来未有之事；他自称镇守，协同关务，也是荒唐至极。神宗不但不降罪，反而存心袒护，说高淮是奉他的命令行事，使得高淮更无忌惮。他肆意召募死士，出塞射猎，与边将争功，扣除军士粮饷，山海关内外无不受害。

万历三十六年（1608）四月，前屯卫发生骚乱，士卒齐声呼喊：“愿食高淮肉而甘。”六月，高淮派人去锦州等地向军户索贿，军户愤怒，杀来人， 聚众千余人围攻高淮衙门。高淮恐惧，奔入关内，告同知、参将逐杀钦使、劫夺御用钱粮，在边民间造成更大的动乱。因局面完全无法收拾，神宗才把高淮召回。

此外，广东、广西、江西、陕西等地也先后发生“民变”。

万历年间的民变遍布各地，规模巨大，动辄万人，表明“市民”的力量有了很大的增长，其中城市的劳动者（如机工）和商人占有相当大的比重。这是一个值得注意的历史现象。另一方面，民变是市民各阶层和反对宦官集团的封建士大夫阶层的联合行动，起重大作用的往往是诸生、乡绅，或者受欺凌的中下层军官。