激烈的内部冲突

司马睿无暇北顾并非完全是托词。在当时的南方，不仅荆州的动乱一直未平，就连腹心的扬州地区也出现了麻烦。义兴大族周f 曾因平定钱◻有功被封为吴兴太守，但是在“三定江南”中周氏宗族所显示出的强大武力，已引起司马睿的疑虑和惧怕。所以尽管周f 治理吴兴颇有成效，却一直得不到建邺的信任。同时，周f 还要承受着司马睿心腹刁协等人轻视的压力，这就使得他羞愤万端，决意反抗。周f 联合东莱大族王恢，企图发动兵变把北方的大族赶下台，由南士取而代之。密谋不慎暴露，周f 将逃到他那里的王恢杀掉灭口。司马睿知道后不动声色，下令征调周f 入建康（愍帝称帝后为避讳由建邺改名）任镇东司马，行至中途，又改授建武将军、南郡太守。当周f 南行到达芜湖，司马睿复命他返回建康，改任军谘祭酒。周f 终于明白司马睿是在故意戏弄他，忧愤而死。临死前，他对儿子周勰讲，杀死他的是掌权的北方人，并要求周勰为他报仇。

周勰对于父仇刻骨铭心。建兴二年（314）年底，他利用吴人对司马睿政

权的不满情绪，与父亲生前旧属吴兴功曹徐馥通谋，假借奉在家养病的叔叔丞相从事中郎周札之命，声言起兵进讨执政的王导、刁协。他到处收集兵力， 当地土著豪强闻讯翕然响应，连孙皓的族人孙弼也在广德起兵配合。次年正月，徐馥杀死吴兴太守袁琇开始行动，周札之子周绩随即聚众响应徐馥。徐馥欲奉周札为主，但遭拒绝。由于叔父反对，周勰未敢冒然动作。司马睿闻变，准备发兵进讨。王导反对用兵。他说，多发兵容易给建康造成空虚，少发兵则不易平乱，不如利用周氏家族内部矛盾，派周札的侄子周莚去处理。周莚到达义兴后，设计将从弟周绩杀死，并迅速平定了事变。摄于周氏宗族在江南地区的门望和武力，司马睿既没有惩办周勰，也没有深究此事。为安抚吴人，他改任周札为吴兴太守，并提升了周莚的官职。

同在建兴三年（315），杜弢所领导的流民起义军终于被司马睿的荆州刺史陶侃打败。两年前，原荆州刺史周f 被杜弢围在浔水，靠时任武昌太守的陶侃的救援，才徼幸脱险。司马睿调回周f ，改任陶侃主管荆州。陶侃经过与杜弢的数十次激战之后，才逐渐占据上峰。流民军由于伤亡过重，力量不支。杜弢被迫向司马睿请降，但遭拒绝。他复写信给南平太守应詹乞降。在应詹的建议之下，司马睿同意受降。但陶侃等人仍不肯停止对杜弢的攻击， 杜弢只得再反。陶侃乘势将其击溃，杜弢败死于道。不久，湘州也落入陶侃之手。

陶侃的成功，引起了王敦的嫉妒。王敦自永嘉五年击灭华轶后，一直坐镇江州，主管西线的军事。由于部属陶侃平定荆湘地区流民起义有功，司马睿封王敦为镇东大将军、加封都督江扬荆湘交广六州诸军事、江州刺史之职。王敦开始自行选置刺史以下的官吏，日益骄横跋扈。他乘陶侃在返回荆州的治所江陵之前辞行之机，将陶侃扣留。王敦改任陶侃为广州刺史，另派其从弟王廙去荆州出任刺史。但是荆州的将吏拒不接受王廙，而要求陶佩返回。王敦欲杀死陶侃，但顾虑与陶侃有姻亲关系的豫章太守周访干涉，故终未动手。陶侃被迫赴广州。到任后，他再一次显示出自己的政治才能，使那里长期动乱的局面迅速得到安定，切实巩固了江东政权对这一地区的控制。

自称帝时起，晋愍帝一直陷于困境之中。史称“长安城中，户不盈百， 墙宇颓毁，蒿棘成行。朝廷无车马章服，唯桑版署号而已。众唯一旅，公私有车四乘，器械多缺，运馈不继”（《晋书·愍帝纪》），甚至连盗发汉帝陵所剩的劫余物资也尽纳内府。而汉主刘聪对长安的攻势一直未减，晋愍帝司马邺虽然又进封司马睿为丞相，并多次乞师救援，但始终未能盼到江南发来的一兵一卒。

建兴四年（316）十一月，晋愍帝司马邺在汉军的重围之下，内外断绝， 兵疲粮竭，被迫出降。长安不守，汉将虏愍帝北去的消息传至建康，司马睿如果再没有表示，则无法向世人交待。于是，他装模作样地带领将士露宿野营，向四方发布檄文，声称要立即北伐救回愍帝。然而数天之后仍不见有真正的军事行动。为了收场，给自己解脱塞责，司马睿给丞相府的督运令淳于伯栽上“漕运稽期”的罪名，将其斩首。但这种拙劣的欺骗手法很难彰世人耳目，一时“百姓喧哗，士女纵观，咸曰其冤”（《晋书·刘隗传》），连司马睿的心腹刘隗也出面为淳于伯鸣不平，要求惩办与此事有关的周莚、刘胤等人。事情闹到了不好收场的地步，幕后主谋王导被迫出面承担责任，请求免职。司马睿终于承认，冤杀淳于伯是他的过失，但又表示对此案有牵连的人不再追究。