据有中原

燕军退师后，拓跋圭旋即光复平城。得知燕国易主，他决计进击中原。六月，拓跋圭派王建取广宁，杀太守独孤部首领刘可泥，徙其部落于平城。同月，魏军取燕郡上谷。七月，拓跋圭改元皇始。八月，他以李栗将骑五万为前驱，亲勒四十余万大军南出马邑，逾于句注，进军并州。别遣将军封真等从东道出军都，袭燕幽州。燕并州刺史慕容农战败后逃回中山，并州遂为魏有。十月，魏军出井陉，至真定，拔常山。一时魏军气盛，所向披靡。后燕守宰或捐城奔窜，或稽颡军门，自常山以东皆附于魏。中原地区只有中山、邺、信都三座孤城还在后燕手中。

十一月，拓跋圭命拓跋仪攻邺，王建、李栗攻信都，并亲自引骑围中山。守中山城的是后燕名将慕容隆。他坚守不出，拓跋圭急攻则伤士，久守又费粮，几十万大军顿于坚城之下，无可奈何。在这一段时间里，各个战场的魏军战况不佳。袭幽州的军队攻蓟城不胜已退守渔阳。王建等攻信都六十余日未下，伤亡惨重。围攻邺城的魏军反而被慕容德击破。魏军苦战不胜，有以下三个原因：

第一，拓跋魏内部不够稳定。南下的魏军有很多是新被拓跋部征服的部族，他们对为拓跋魏作战，不感兴趣，有的尚存贰心。如别部大人没根阵中反水，带领亲兵数万降燕，又夜袭魏营直至中帐，连拓跋圭本人也几乎被他杀死。不久，没根兄子丑提又率所部族众还云中作乱。柏肆之役，拓跋圭一度失利，魏境流言四起，贺兰部帅附力眷，纥突邻部帅匿尼物，纥奚部帅比根等聚部阴馆造反。另外联盟内部也不甚协调。邺城之败是主将拓跋仪与贺兰部帅贺赖卢内讧酿成。拓跋圭族弟拓跋顺留守云中，闻魏军败讯，欲自立为主。内部斗争牵制了拓跋圭的很多精力和兵力。

第二，后燕的军队虽然减少太半又屡遭重创，但仍然保存了一定的实力。慕容宝据守中山，栢肆一役尚可调发步卒十二万，骑三万七千。慕容宝又以珍宝宫人招募郡县，扩充新军，仅中山一地就募兵万余人。特别是幽州兵，平州龙城兵，兵精甲坚，没有受过重大的打击。

第三，参合陂诛杀降卒引起了后燕地区人民，尤其是鲜卑慕容部人对拓跋魏的极端仇恨。魏兵每到一地，燕民深沟高垒，清野对抗。被围之城，将士泣血踊跃，奋战不降。慕容宝弃中山而走，“中山城内无定主，民恐魏兵乘之，男女结盟，人自为战”。拓跋圭临城劝降，得到的回答是：“恐复如参合之众，故苟延旬月之命耳。”

挫折教训了拓跋圭，迫使他修正错误的政策，从而逐步扭转了困局。首先，他深悔参合之诛，极力抚慰新附。他黜免一些杀戮过多的首领，“刺史、太守、尚书郎已下悉用文人”，下令魏军上下“军之所行，不得伤民桑枣”。其次，他大量收纳和启用汉族地主阶级的杰出人物参与军政要务，以适应中原地区的新形势。史言他“留心慰纳，诸士大夫诣军门者，无少长，皆引入赐见，存问周悉，人得自尽，苟有微能，咸蒙叙用。”比较突出的是，他任用了北方著名的士族领袖崔宏。崔宏与张衮对掌机要，创立制度。崔逞为尚书，录三十六曹。屈遵为中书令，出纳号令，兼总文诰。在这些汉族地主阶级政治家的帮助下，拓跋魏加快了由联盟向国家的转变步伐。它制定了能够与先进的封建经济相适应的各种政策，其中包括保留了中原地区原有的租税赋役制度。不久，魏军感染时疫，粮草又供应不足，饥疫并臻，人马牛多死。联盟的许多首领咸言北归。拓跋圭表示：“四海之人，皆可与为国，在吾所以抚之耳！何恤乎无民？”这些人不敢复言归事。这说明随着政策的变化，他个人的权力进一步强化，联盟内的离心力量相应减弱，对于统治中原地区他已充满了信心。第三，拓跋圭改变战略布局，重新配备了兵力。皇始二年

（397）正月下旬，他撤军中山，集中力量先取信都。拓跋圭自攻信都，只三日，燕守将慕容凤支持不住，弃城奔走，信都遂降。

拓跋圭取信都后，旋即回师中山。在曲阳柏肆，魏军被后燕夜袭大营，吃了一亏。但很快拓跋圭便镇定下来，在营外鸣鼓收兵，选择时机纵骑冲击，反败为胜。第二天，慕容宝丢弃大军奔还中山。当时，天寒地冻，风雪交加，燕军被风雪冻死者相枕于路。拓跋圭俘获大批燕军将士，收得兵器数十万件。三月，慕容宝向魏求和，请以常山以西属魏，中山以东归燕，并答应送还拓跋觚。不久慕容宝悔约，拓跋圭重新用大兵包围中山城。

后燕统治集团矛盾重重，突出的问题是兄弟争位。慕容麟拥有重兵为慕容宝所嫉。慕容麟素轻慕容宝昏庸无能，时欲取而代之。魏军围城的当夜，慕容麟图谋杀兄自立，事发，出奔西山。慕容宝害怕他先据龙城，遂带着妻子及兄弟宗族数千骑弃城北走。魏军追至范阳，不及而还。中山城内拥立慕容详为主，仍扼守不降。拓跋圭把拓跋仪从邺城前线调来负责粮运，继续围城。不久，慕容麟返回中山，杀慕容详自立。九月，中山城粮绝。慕容麟率三万人去新市找粮，与拓跋圭在义台坞会战，魏军大获全胜，斩杀九千余人。慕容麟单骑逃至邺城，被慕容德杀死。中山城无主，守将张骧、李沈等献城投降，随之而降的各级官吏士卒二万多人。经过一年多的反复较量，拓跋圭终于攻占了燕都中山城。守邺的慕容德得知中山失陷，次年正月弃邺，南下滑台阻河拒守。这样，原属后燕的黄河以北的广大的关东地区遂归魏有。