进出关中

邓禹攻破王匡后，继续西进。从汾阴（今山西河津县南）渡过黄河攻克夏县（今陕西韩城县南），又在长安东北的衙县（今陕西白水县北）击败更始左辅都尉公乘歙所部十万之众。这时，赤眉军攻克长安，关中混乱，百姓听说邓禹乘胜独克而师行有纪，皆望风相携负以迎邓军，“降者日以千数， 众号百万”。邓禹部下诸将皆劝他乘胜进攻长安，邓禹以为，其众虽多而能战者少，而且军粮不足。既无积蓄，又无馈运，而赤眉军新破长安，财粮充裕，势不可挡。莫如驻屯长安外围，略取长安以北的上郡、北地、安定三郡， 就粮养士，坐以待变。于是乃引军北至栒邑（今陕西旬邑附近）。

刘秀以邓禹久不进兵，下令催促。邓禹仍坚持己见，自驻北地大要（今甘肃宁县），督率诸将攻略北边各郡，同时征兵征粮，而令部将冯愔、宗歆留守栒邑。冯愔为了争权而杀掉了宗歆，并出兵反击邓禹。后来这场叛乱被平息。同时粮食也开始缺乏起来，军士们皆以枣菜为食。继而在长安附近又为赤眉军所败，被迫退至高陵（长安东北）。

正当处境困难之际，光武令其东还，诏书说：“赤眉无谷，自当来东。吾折捶笞之，非诸将忧也，无得复妄进兵”。建武三年春，邓禹率骑将军邓弘等引兵东归，行至华阴（今属陕西）以东，与征西大将军冯异相遇。冯异正率领所部自洛阳经弘农（今河南灵宝）西进关中，在华阴地区已与东归的赤眉军相峙六十余日。邓禹自以未完成攻占关中的使命，有负刘秀的重托， 便和邓弘一起要求冯异同他们一道共攻赤眉。冯异以为赤眉军尚有较强的实力，不如等待时机，与光武部署在渑池附近的大军东西夹击，一举歼灭赤眉军。邓禹、邓弘急于成功，不听冯异的劝阻，向赤眉军发动了进攻。赤眉军采取了诱敌之计，“弃辎重走，皆载赤豆覆其上，兵士饥，争取之。赤眉引还击之，军溃乱，⋯⋯吏士散已尽”①。邓禹率领残余二十四骑逃奔宜阳（今河南宜阳西），向光武请罪，引咎辞职，缴还大司徒、梁侯（原封酂侯，建武二年改封梁侯）印绶，光武给予免官留爵处分。过了几个月，又起用为右将军。建武四年（公元 28 年），光武命邓禹率将军邓晔等击破割据汉水流域的延岑，军威重振。