三、真菌界的起源及真菌门各亚门间的亲缘关系

由原始生物相似的祖先，沿着 3 个不同的营养路线发展的结果：其一是沿着具有光合作用的自养路线发展成为植物界（Plant kingdom）；其二是沿着吞食现成营养的路线发展成为动物界（Animal kingdom）；其三则沿着吸收营养的异养路线发展为真菌界（Fungi kingdom）。

鞭毛菌亚门，具游动孢子，水生。接合菌亚门与鞭毛菌亚门的菌丝具有相似的形态特征，只是在进化途中产生不动的静孢子，失去了游动孢子，并产生了接合生殖的特征，说明它们由水生向陆生演化的历程。

子囊菌亚门，不产生游动孢子和游动配子。子囊来源于两个细胞的结合， 并形成子囊孢子，更适于陆地生活。它可能是由接合菌亚门中的某一支演化而来。

担子菌亚门，陆生性，次生菌丝为双核。子囊菌在子囊形成之前，也有一个较长的双核阶段。担子菌的性器官虽然退化了，但在有性生殖过程中， 还保持很多相似的特点。因此，担子菌亚门是由子囊菌亚门发展而来的论据， 还是较充分的。

总之，真菌门的各亚门，是由小到大，由简单到繁杂，由低级到高级， 由水生向陆生的进化规律是非常明显的。