第四节 清初的统一大业

自康熙初年，清政府即确立了对全中国的统治。但是，南方的汉人军阀“三藩”和台湾的郑氏集团作为不可忽视的割据势力，仍然威胁着刚刚建立不久的清朝的统治。康熙十二年（1673 年），三藩起兵，云南、贵州、四川、广东、广西、福建、陕西、甘肃等地的汉族文臣武将相继起兵响应，连续攻入湖南、江西、浙江等省，形成延续 8 年之久的大规模战争。据守台湾的郑经，也在福建沿海向清军发起进攻。年轻的康熙皇帝果断地平定了这场战乱， 完成了清初的统一大业。从此，清朝进入平稳发展时期。

一 三藩割据势力的形成

顺治元年（1644 年），吴三桂引清兵入关，受封为平西王。他披坚执锐， 追击李自成农民军，从辽东一直打到云南，并留在云南，为清政府镇守边关。辽东降将孔有德、耿仲明、尚可喜分别领兵南下作战，被册封为王。耿仲明封靖南王，顺治元年死于江西，其子继茂、其孙精忠先后袭封王爵，后移驻福建。孔有德封定南王，驻守广西，顺治九年战死，儿子也死于战乱，无子爵除。尚可喜封平南王，驻守广东。史称吴三桂、尚可喜、耿精忠为清初三藩（因孔有德爵除）。

三藩原为明末辽东军阀，藩兵只忠于藩王个人，实为私人武装。朝廷为激励三藩镇压农民军和南明小朝廷，规定每收复一地即可扩为藩地，三藩打仗十分卖力。藩兵按汉军八旗的规定编制，可与汉军同样圈占土地，享有诸多特权。三王分镇之后，各霸一方，位尊权重，逐渐与中央政府产生了矛盾。

吴三桂 三藩当中，吴三桂的实力最强，地位最高。他的军队都是百战精锐，骁勇敢战。他多年苦心经营云南地区，水陆要冲遍置私人，屯战攻守之宜，无不具备。他的世子吴应熊尚公主为和硕额驸，授三等子，加少保兼太子太保。康熙元年（1662 年），吴三桂擒获桂王，灭亡了南明最后一个政权——永历小朝廷，因功被晋封为亲王。次年，朝廷敕谕云南贵州的总督巡抚听从吴三桂节制。从此，吴三桂在云贵节制督抚，总理一切，用人吏部不得掣肘，用财户部不得稽迟，官吏由吴三桂自行任免，号称“西选”。据说， 当时西选之官几遍天下。吴三桂还用许多其他手段交结朝廷官员，培植党羽。他性喜散财结客，知县以上的官员到任后例谒王府，吴三桂必定设法罗致。对于督抚大吏，吴三桂更是不惜重金交结。遇有巡抚内召或离任，吴三桂必赠程仪，或 10 万、或 3 万不等，据说是“挥金如土为防口”。除了在云贵培植党羽外，吴三桂还在京师安插密探。他派人随同额驸吴应熊住在京师，以重金交结朝廷大臣，刺探朝廷动向。吴三桂的军队共有甲兵 1 万，绿营及投

诚兵 6 万。他精心培养将校，操练士卒，囤积硝磺等军需物资。又开矿铸钱， 征收盐税，同达赖喇嘛在北胜州互市，以茶易马。他还张皇边事，连年征讨贵州土司，向朝廷表功。

清政府自多尔衮以来对吴三桂是用其所长，但始终存有戒心。他的世子吴应熊以额驸的身份留居京师，实际是朝廷的人质。顺治十七年，朝廷以赋税不足，令吴三桂裁减绿营及投诚兵。吴三桂将绿营及投诚兵减至 2.4 万人， 数量虽减，去弱存强，留下的都是精锐之师。吴三桂成功地应付了裁军的命令，却不能消除朝廷对他的怀疑和抑制，尤其在擒杀桂王，天下大定之后，

削弱他只是时间问题了。

尚可喜 尚可喜权势虽然不及吴三桂，但他在广东建藩最久，有权便宜行事，一手遮天，无所顾忌。尚可喜年老多病，世子尚之信受命佐理军事， 尚之信酗酒嗜杀，虽身边姬妾仆役，亦不能幸免。

清初有“平南之富甲于天下”之说。尚可喜父子生财有道，他们除霸占土地，建立王庄，加增田赋之外，还针对广东商业发达的特点，开办总行、总店，垄断商业，牟取暴利。商贾除向州县衙门交纳税银，还要交藩税，仅此一项，平南王藩下每年就抽取十余万两白银。他们强霸盐田，占据盐阜， 勒令盐商抬高盐价，每年获利七八万两。把持渡口，私抽渡税，每年勒索二三万两。平南藩下还打造海船，私通外洋，每年获利四五十万两。种种巧取豪夺，使平南藩下聚集了大量的财富。

耿继茂父子 耿继茂及其子耿精忠在福建也十分跋扈。他们有权便宜行事，调度军机事务。藩兵依势欺压百姓，督抚不敢过问，藩王府中男子 14 岁就发给弓矢，练习骑射，可以说是久蓄异志了。

靖南王以暴敛闻名。他们随便役使百姓，每日派夫 1300 名，一半供其役使，一半令折银。城中每夫折银一钱，乡间折银二钱四分。除加增田赋外， 靖南藩下还巧立名目，征收苛捐杂税，抽税机构名为总牙，各处市镇关隘， 均派人把持征税。米、柴、果子、丝、布、纸、竹、木料、棕、油等物，统统抽税。乡间农夫，挑负一二担杂货，不纳税也不放行。耿继茂还插足当地商业，凡当铺、牙行、盐商，诸色店铺买卖，他都或出本，或伙开，从中分利。

后来，耿继茂病死，耿精忠袭爵，继续在福建危害百姓。

吴三桂等三位藩王割据一方，尾大不掉，对于清政府来说是心腹之患。在南明覆亡，清政府大局初定之后，中央政府与其在政治、经济、军事诸方面的矛盾就越发显得突出了。其中，尤其以经济矛盾最为尖锐。三藩军费庞大，吴三桂每年需饷 300 万，本省赋税不足供什一，一切仰仗江南供给，绌则连章人告，赢则不复稽核，中央政府几乎无帐可查。以至当时就有“天下财富半耗于三藩”的说法。削弱三藩已经势在必行了。

康熙二年，辅政四大臣强令收缴吴三桂大将军印，后来，又裁其用人提补之权。康熙六年五月，吴三桂见他所提补的官员多不如请，心中疑惑，便上疏试探，以目疾为辞，请求解除总理云贵两省事务。四大臣令吏部复议， 同意将吴三桂所管各项事务照各省惯例，交督抚管理。大小文官亦照各省例， 由吏部提授。康熙七年七月，康熙帝亲政，他以三藩、河务、漕运为国家三大要务，十分重视。九月，云贵总督卞三元、提督张国柱、李本深上疏提请吴三桂仍总管云贵事务，康熙帝不允。翌年元月，九卿科道推荐林天擎为云南巡抚，康熙帝以其为平西王藩下人员，一口拒绝。

三藩知道朝廷刻意防范他们，深感不安，日益讲究自固之策。康熙十二年，康熙帝派深受朝廷信任的范承漠（范文程之子）任福建总督。耿精忠担心范承谟负有特殊使命，常常终夜彷徨，衷甲而寝。

三藩与朝廷的矛盾不断加深，一场大规模的对抗已经不可避免了。二 三藩之乱及其平定

（一）撤藩之议

康熙十二年三月，镇守广东的平南王尚可喜因朝廷对三藩心存疑虑，恐其子酗酒嗜杀的不法行为被朝廷怪罪，牵连自己，便疏请归老辽东，由尚之信袭封留镇。康熙帝马上令尚可喜全藩北撤。撤藩令下，吴三桂和耿精忠深感不安，也上疏请求撤藩，以试探朝廷虚实。

康熙帝令议政王大臣会议议论此事，议政王大臣对吴三桂请撤一事产生分歧，拟两议上奏。一议以兵部尚书明珠、刑部尚书莫洛、户部尚书米思翰为主，主张云南撤藩，吴三桂及其所属官兵撤至山海关外；一议以大学士索额图、图海为首，主张仍令吴三桂镇守云南。康熙帝认为吴三桂蓄谋已久， “今若不及早除之，使其养痈成患，何以善后？”下令三藩并撤，派遣礼部侍郎折尔肯、翰林院学士傅达礼往云南；户部尚书梁清标往广东；吏部侍郎陈一柄往福建，经理撤藩。同时谕令户部：三藩及各官兵家口安插地方，所需房屋田地等项，应预为料理，使之迁到之日即能安居乐业。

（二）吴三桂倡乱

吴三桂请求撤藩原本为试探朝廷态度，仍希冀降旨慰留。朝廷撤藩令下， 吴三桂及其党羽大失所望，决计造反。

康熙十二年（1673 年）十一月二十一日，吴三桂公开叛乱。他以召集会议为名，将忠于朝廷的云南巡抚朱治国拘禁杀害，并传檄四方，诡称拥戴明朝朱三太子（实无其人），兴明讨清。自称“原镇守山海关总兵官，今奉旨总统天下兵马大元帅，兴明讨虏大将军”。吴三桂追剿南明，绞杀永历帝父子，事已做绝。但他深知自己仓促起兵，只有以拥明为旗号，才能裹胁更多的人跟自己走。

吴三桂的反讯传到北京，在朝臣中引起一片恐慌。索额图以为吴三桂之反，是由撤藩而引起的，提出处死主张撤藩的大臣，以平息吴三桂的怒气。康熙帝不准，称“朕自少时，以三藩势焰日炽，不可不撤。岂因吴三桂反叛， 遂诿过于人耶？”康熙帝又下令停止平南王、靖南王撤藩，以防止叛乱蔓延。孔有德父子死后继无人，其婿孙延龄曾请求承袭王爵，清廷不准。吴三桂叛乱后，康熙帝任命孙延龄为抚蛮大将军，统帅定南王藩下旧部，以安抚人心。康熙帝还亲自发布诏书，谴责吴三桂“反复乱常，不忠、不孝、不义、不仁， 为一时之叛首，实万世之罪魁”，下令将居住在京师的吴三桂世子吴应熊， 世孙吴世霖处死，以示决不妥协。

（三）三藩并起

吴三桂起兵后，即致书平南王尚可喜、靖南王耿精忠和在贵州、四川、湖北、陕西等地的亲朋故旧，煽动反清。此举在汉族将领中引起强烈的反应。各地汉族将领，或为辽东军阀，与吴三桂一荣俱荣，一损俱损；或于清军进关后被迫降清，与满族权贵隔阂较深，对朝廷排挤压抑汉官心怀不满。他们纷纷响应吴三桂。一场大规模的反清战争爆发了。

贵州四川 吴三桂反清后，首先派兵开赴贵州，贵州提督李本深在安顺起兵响应。云贵总督甘文焜见贵阳不可守，率数骑避走，后受与吴三桂勾结的叛将逼迫，自刎于镇远吉祥寺。贵州巡抚曹申吉、黔西总兵官王永清先后

降服吴三桂。次年正月，四川巡抚罗森、提督郑蛟麟、总兵官吴之茂、谭宏起兵响应吴三桂。吴三桂未打一仗，就轻而易举地占领了西南云南、贵州、四川三省。

湖南湖北 吴三桂占领西南三省后，立即派大兵进攻湖南。康熙帝得知吴三桂欲犯湖南，任命顺承郡王勒尔锦为宁南靖寇大将军，统帅八旗兵开赴湖南前线，抵挡吴军。八旗官兵自入关以后被清朝视为国家的根本，予以种种优待，养尊处优，已失去当年的锐气。勒尔锦行动迟缓，三月才抵达荆州， 他见吴三桂兵强气盛，不敢渡江争锋，屯兵江北，与吴军隔江相望。吴三桂招降纳叛，有汉族将领为内应，只用了几个月的功夫，就占领了沅州、常德、宝庆、长沙、永州、衡州、岳州和湖北松滋地区。吴三桂亲到常德督战，令吴应麒在岳州浚濠筑垒，又于澧州、长沙布重兵相为犄角，坚守湖南，同时兵分两路，一路东取江西，一路西出四川，经略湖北及陕甘地区。

福 建 靖南王耿精忠接到吴三桂煽动反叛的书信后，即囚禁了福建总督范承漠，于康熙十三年（1674 年）三月十五日，据福建反清。他攻陷福建延平、邵武、福宁、建宁、汀州诸府，邀约吴三桂合兵攻打江西，唆使潮州总兵官刘进忠叛扰广东，又书招台湾郑经发兵攻取沿海郡县，以为声援。随后，他兵分三路，东路攻打浙江温州、台州、处州；中路进犯浙江金华、衢州；西路侵扰江西广信、建昌。又遣兵进犯安徽，侵掠徽州、婺源、祁门， 气势猖獗。

广 东 尚可喜虽然跋扈，但在政治上并无异志。吴三桂叛乱之后，尚可喜逮捕了吴三桂的使者，将逆书呈奏朝廷，并上书表白效忠清朝。他担心长子尚之信招惹是非，请求朝廷允许以次子尚之孝袭封。康熙十四年正月， 朝廷晋封尚可喜为平南亲王，令尚之孝袭封，并任命尚之孝为平南大将军， 尚之信为讨寇将军。

这时，广东局势十分危急，吴三桂在广东招降纳叛，郑经又发兵助刘进忠入寇。尚之孝迎战失利，退驻惠州。十五年一月，尚可喜病重，二月，尚之信接受吴三桂招讨大将军伪号，遣心腹封锁藩府，幽禁其父。又与郑经讲和，夺尚之孝兵权，使之闲居广州。十月，尚可喜忧愤而死。从此，尚之信毫无顾忌，更加为非作歹。

广 西 孔有德死后，其女孔四贞嫁孙延龄为妻。孙延龄因此得授广西将军，统辖孔有德所遗部众，驻镇桂林。孙延龄年纪轻，资历浅，不能服众， 都统王永年等人曾联名弹劾他。吴三桂叛乱后，康熙帝为安抚孙延龄，封之为抚蛮将军，命他固守广西。孙延龄痛恨王永年等人，趁西南出现变乱，于康熙十三年二月杀了王永年等人，监禁广西巡抚马雄镇，起兵响应吴三桂。五月，他自称安远大将军，派兵攻掠广西各地。

陕 西 陕西提督王辅臣原为吴三桂藩下总兵官。康熙十三年八月，王辅臣奉命率兵两千跟随大学士、兵部尚书莫洛自陕西向四川进军，征讨吴三桂。十二月，途经宁羌，王辅臣因受到莫洛凌辱，袭杀莫洛，还据平凉，并与吴三桂通款。吴三桂大喜，急忙给王辅臣送去 20 万两犒师银，授其为平远大将军陕西东路总兵。

王辅臣叛变后，甘肃、陕西一片混乱。固原、定边、巩昌、临洮、兰州、同州、延绥等地守将先后附敌。

台 湾 郑成功死后，长子郑经继承延平郡王王位，行招讨大将军事。郑经奉永历年号，继续抗清。他重用陈永华，发展农业生产，解决了征台大

军的粮食问题。派工匠教当地居民取土烧瓦，起盖房屋，发展手工业。又利用台湾的有利地形，通海贸易，发展商业。他还建孔庙，立学校，考试青年学子，优秀者补六官内都事。这是台湾有儒学教育和初级科举的开始。台湾在政治经济诸方面都有了较大发展。

郑经因台湾地处一隅，与清朝抗衡元异以卵击石，不敢大举进犯东南沿海。清廷因大局初定，水师力量薄弱，也无法收复台湾。台湾这时实际上是处于地方割据状态。康熙十二年，三藩之乱爆发，郑经以为有机可趁，立即积极介人。他与吴三桂、耿精忠取得联系，于康熙十三年三月亲率舟师抵达厦门。

从康熙十二年十一月到康熙十三年底，在吴三桂倡乱以来一年多的时间里，反清战火迅速蔓延，云南、贵州、四川、广西、台湾的全部及福建、陕西、甘肃、湖南、湖北、江西、浙江的部分地区已先后脱离了清政府的控制。清政府处处被动，局面岌岌可危。

（四）平藩战争的胜利

三藩叛乱之后，康熙帝立即派遣满洲诸王，统帅八旗禁旅前往镇压。勒尔锦南下之后，他又先后指派多罗贝勒尚善为安远靖寇大将军攻打岳州；安亲王岳乐为定远平寇大将军攻打江西；简亲王喇布为扬威大将军镇守江南； 多罗贝勒洞鄂为定西大将军，与莫洛合兵由陕西攻打四川；康亲王杰书为奉命大将军、贝子傅喇塔为宁海将军，由浙江攻打福建。

与军事行动相配合，康熙帝还采取了一系列政治攻势，剿抚并用，分化瓦解三藩。他处决了吴三桂在京的子孙，对耿精忠在京之弟则十分宽容，派耿聚忠与朝廷官员同赴福建招抚，并反复声明若耿精忠悔罪投诚，复其王爵， 令其照旧镇守福建。朝廷还一再宣布原吴三桂属下官民，无论在各省做官或闲住者，只要与叛乱无涉，虽父子兄弟在云南，概不株连。对立有战功的绿旗将领，康熙帝也分别予以赏赐，以联络感情，缓和朝廷上的满汉矛盾。

康熙帝对军需问题也十分重视。当时有“三吴财富实甲海内”之说，吴三桂倡乱之后，康熙帝即对江南的防守做了周密的安排，并在政治上对江南地主采取灵活的政策，如准许开销“奏销案”黜革的缙绅等等。结果，在平叛战争中，江南地区保持稳定，为清政府提供了有效的经济保障。后来，江宁巡抚曾说过，平叛战争军需取给于江南不下 3000 余万。除此之外，康熙帝还裁减地方经费，加强财政管理；削减官俸，加征官绅田赋，鼓励官员和富民捐纳；改折漕白二粮，增收盐课；增收关税和杂税，采取种种措施筹集经费，终于在旷日持久的战争中逐渐占据了上风。

吴三桂这时年纪已过 60，多谋而不善断，无心进取。他横穿云贵，轻取湖南之时，曾有谋士劝他乘势北渡长江，与清廷争夺天下，他却放回折尔肯， 付疏至京，希冀索回子孙，与清廷划他讲和。直到康熙帝绞死吴应熊父子， 吴三桂才恍然大悟，叹曰：“上少年乃能是耶？事决矣。”王辅臣叛变后， 叛军纵横五省，天下震动，可是，吴三桂仍然一心经略长江以南，企图与清廷划江为界，裂土称王。正因为如此，康熙十三、十四年，吴三桂虽然在战场上处于主动，却未扩大战果。到了康熙十五年，这种情况开始发生变化。

陕甘战场 王辅臣为人有勇无谋，他叛变后，踞蹙于平凉一隅，未作进取发展。清政府从北京和湖厂调集兵力，先后收复了绥德、兰州、巩昌、延

安、定边诸城，截断王辅臣与四川叛军的联络通道。康熙十五年二月，康熙帝任命大学士图海为抚远大将军，负责西北战事。图海亲至平凉督战，指挥清军围攻平凉，并截断叛军饷道，使之坐困孤城，陷入困境。六月，王辅臣粮尽计穷，不得已派人乞降。康熙帝下诏赦罪。清军乘胜收复固原、庆阳， 西线大捷。

浙赣闽战场 康熙十四年，郑经应耿精忠之约，协同对清作战，十月， 出兵攻陷漳州，并乘胜袭取兴化、汀州。十二月，攻取温州。十五年，郑经又陆续收复了广东潮州府和惠州、广州二府的一些州县，势力达于极盛。六月，他违约偷袭耿精忠的地盘，迫使耿军自江西前线撤军回防。清军乘势大举进攻，越过仙霞关，攻克建宁，抵达延平。耿精忠势蹙出降，献出福州， 随同清军一同攻打郑经，连克兴、泉、汀、漳四州。郑经势单力孤，于十六年初败走厦门。浙江、福建又为清军所有。

广东广西战场 耿精忠降清后，孙延龄、尚之信深受震动。孙延龄因有清朝派人招抚，又有部将傅弘烈、妻子孔四贞规劝，决计降清，并于康熙十六年初，派傅弘烈赴江西迎接清军。吴三桂侦知孙延龄动向，派从孙吴世琮领兵攻入桂林，杀死孙延龄父子，将孔四贞带到云南，并派部将留守桂林。不久，孙延龄旧部杀死吴军守将，投降了清政府。

尚之信叛清原为争夺王位，他接受了吴三桂的封号，却不肯听从吴三桂调遣，也不派兵攻打清军。康熙十五年底，尚之信见清军在福建、广西进展顺利，心中不安。十二月，他派人携密疏至江西简亲王军前乞降。十六年三月，清军进入广东。广东平定。

湖南战场 湖南是三藩之乱的中心战场。吴三桂占有湖南后，主力军一直坚守湖南，清军频频进攻，败多胜少，始终不能动摇吴三桂。康熙十五年三月，安亲王岳乐趁吴三桂亲赴松滋指挥吴军援助王辅臣之机，攻下醴陵、萍乡，直逼长沙。吴三桂闻讯，急忙亲统大军自松滋回援。康熙帝命勒尔锦率荆岳大军渡江南下接应，勒尔锦行动迟缓，更于途中遇上吴三桂回援大军， 望风溃遁，奔回荆州。

从康熙十五年（1676 年）秋季开始，全国形势发生了逆转。陕西王辅臣、福建耿精忠先后降清，吴三桂半年之内连失数省，陷于被动挨打的不利局面。但他凭借百战劲旅，仍然坚守岳州、长沙，屡屡挫败清军攻势。

康熙十七年（1678 年），吴三桂已 67 岁，起兵反清也有 6 年了。这时， 他势单力孤，深感日暮途穷，遂决计称帝封臣，以鼓舞士气。三月初一，吴三桂在衡州称帝，国号周，建元昭武，改衡州为定天府。置百官，大封诸将， 僭造新历，举云、贵、川、湖乡试。八月十七日，吴三桂病死于军中。十月， 吴世璠（吴应熊庶子）迎丧还滇，即帝位，改元洪化。

吴三桂死后，康熙帝督促各路大军进剿，又遣吴三桂原下属赴各地军前招抚。吴世璠凭借吴三桂多年来在西南地区蓄积的力量，与清军在湖南、贵州、四川等地相持数年，直到康熙二十年（1681 年），清军才最后攻下吴氏老巢昆明，吴世璠自杀。清军进入昆明后，戮吴世璠尸，传首京师。

吴氏灭亡之前，三藩当中的尚之信已于康熙十九年闰八月被清朝赐死于广州。耿精忠于清军攻克昆明后的第二年正月被凌迟处死。孙延龄之妻孔四贞被清军带回京师，默默无闻地了此一生。王辅臣则畏罪自杀。

至此，延续 8 年之久，战火波及十几个省区的三藩之乱被彻底平息了。年轻的康熙皇帝亲自指挥了这场战争，并最终取得胜利。这使他的政治声望

大为提高，康熙帝的统治巩固了。三 台湾与大陆的统一

三藩被清廷分化瓦解，各个击败之后，郑经在厦门就孤军暴露，难以立足了。康熙十九年三月，福建总督姚启圣率大军围攻金门、厦门两岛，郑氏诸将相继降服，郑经退走台湾。郑经回到台湾后，意志十分消沉。他委托长子郑克■监国，自己则带领文武官员围射游乐，纵情酒色，终为酒色所戕。康熙二十年（1681 年），郑经病死，年 39 岁。这时，郑氏重要谋臣陈永华

（郑克■之岳父）已于一年前去世，郑克■年仅 18 岁，孤立无援，不久被侍卫冯锡范借口不是郑氏血脉而杀害。郑经次子郑克■（冯锡范之婿）袭延平郡王，年仅 12 岁。

二十年六月，康熙帝得到姚启圣关于郑经已死，郑氏内乱的密报，决计规取澎湖、台湾。他根据大学士李光地和姚启圣的建议，启用施琅为福建水师提督，加太子少保，协同迸取。施琅原为郑成功部将，顺治八年降清，曾任福建水师提督，后调北京任内大臣。他擅长海战，了解郑氏集团，实为攻打台湾的最佳人选。

十月，施琅抵厦门视事，并以加衔提督整顿水师，筹划进剿。在制度上提督要受督抚节制，施琅因与姚启圣在进剿时间上有分歧，上疏朝廷，称“臣于水师营中，简选精兵二万余，战船三百艘，己足破灭海寇。请令督抚趣办粮饷给臣军，而独任臣以讨贼。”请求给以独征台湾的兵权。康熙帝打破常规，同意了施琅的请求，批准由他“相机自行进剿”。

姚启圣虽因施琅的一纸奏折而无权指挥征台大军，但他仍以全局为重， 居中调度，为施琅准备了充足的物资，并分拨捐膳兵、战船随施琅出征，或为他往来策应。

这时，对清政府更为有利的是台湾地区的社会矛盾也发展到前所未有的程度。台湾地方狭小，人口有限，但军费开支较大。百姓除田赋、丁银外， 又加征乡村茅舍税，房屋每丈征银 5 分，百姓不堪负担，有十分之三的房屋

被毁坏。郑氏连年征兵，每 10 家征 1 人，每人折价 100 两。每一征兵，城乡均骚扰不堪。此外，还向高山族产金处勒索黄金，役使高山族男子搬运军需， 造成尖锐的民族矛盾。康熙二十一年十月，台湾歉收，出现饥荒。十二月， 承天府大火，延烧 1600 余家，米价居高不下，第二年春天，灾荒更重，百姓饿死甚多。郑氏统治发生了深刻的危机。

康熙二十二年（1683 年）六月十四日，施琅率水师攻打澎湖。郑氏以刘国轩为总督，统辖 2 万水师、200 艘战船据守澎湖。刘国轩兵力不及施琅， 且粮饷不济，不久即被清军打败，仅率 30 余船逃回台湾。

澎湖一战几乎耗尽郑氏的兵力粮秣，郑克■无力再战，上表降清。七月， 台湾兵民剃发，缴纳册印。八月，施琅抵达台湾，料理善后。九月，郑克■ 等相继进京陛见。康熙帝授郑克■公爵、冯锡范伯爵，赐第居京师，刘国轩天津卫总兵官、伯爵，官兵各给安置，隶上三旗。十一月，施琅将台湾交给手下将领把守，班师凯旋。

清军收复台湾后，有人主张迁其人，弃其地，施琅上疏反对，强调台湾“乃江浙闽粤四省之左护”，“东南之保障”，倘若外国占据，“乃种祸后来，沿海诸省断难晏然无虞”，战略地位十分重要。康熙帝与议政王大臣、福建督抚提镇反复商议，决定在台湾设府，由福建省管辖。台湾府下设台湾、诸罗、凤山三县。合厦门置分巡台湾道，全台设总兵一、副将二，士兵 8000。

澎湖设副将一，士兵 2000。

从此，台湾府归于清政府统治，直属福建管辖。