封为国师，掌天下僧政

1253 年，八思巴与受命经营漠南中原地区的忽必烈初次相会，忽必烈接受其密续灌顶。随后，忽必烈南征大理，八思巴也在凉州主持萨班灵塔开光仪式之后回乌思藏，拟从伍由巴大师受比丘戒。行至朵甘思，从商客处得知伍由巴大师已去世，遂折回。次年，在阔端子蒙哥都王的陪同下，与从大理班师北上的忽必烈相会于六盘山。忽必烈喜出望外，“留下了萨斯迦人（即八思巴），［为他］ 授了灌顶，结为施主与福田”（《红史》）。忽必烈赐给八思巴一道诏书（hjah-sabod-yig-ma），宣布保护寺院不受侵害，号召僧人不可争官位、依恃圣旨欺凌他人，应该“敬奉上天，为我祈祷”（阿旺·公哥索南《萨斯迦世系史》）。

1255 年五月，八思巴前往河州，从涅塘巴·扎巴生格、恰巴·却吉生格及雅隆巴·喇嘛绛曲监藏等人受具足戒。然后，到内地从事宗教活动。1257 年在佛教圣地五台山朝拜，写下了《文殊菩萨名号赞》、《文殊菩萨坚固法轮赞》等诗及《听法广记》。

1258 年，佛道争执加剧，忽必烈受蒙哥之命，在开平城主持大辩论，双方围绕《老子化胡经》真伪展开。八思巴参预其事，位次那摩大师而名列第二，以其雄辩之才为释教一方获胜立下功劳。会后道士樊志应等十七人被削发为僧，伪经被毁。八思巴声名渐著。同年著《道果法明鉴》，阐述本派主张。

1260 年，忽必烈称帝，建元中统，封八思巴为国师，“授以玉印，任中原法主，统天下教门”（王磐：《八思巴行状》），成为全国最高的佛教首领。1264 年，元世祖立总制院而领之于国师。“总制院者，掌浮图氏之教， 兼治吐蕃之事。”（《元史·桑哥传》）同年，元世祖颁布诏书，说明自己

从八思巴处接受灌顶，已封之为国师，令掌天下僧政，不可违背，以及优礼僧人，保证其寺院财产不受侵犯。