明太祖朱元璋敕赐寺名

明朝时的栖霞寺为灵谷寺统辖下的第二大刹，有山门一座，天王殿等7殿堂共36楹，僧院31房，僧众百余，寺田120亩。据明代官员葛寅亮的《金陵梵刹志》记载：

东至葛家巷，南至金石冈，西至本寺官街，北至摄山官路……

从史书中可以看出，当时栖霞寺的规模甚为庞大。

1392年，明太祖朱元璋敕赐“栖霞寺”之名。并诏赐赡僧田山1300亩，统辖距栖霞寺附近的小刹衡阳寺。如今，衡阳寺早已不在，但其名称却保存了下来。

在明朝洪武到天顺年间，栖霞寺与天界寺、灵谷寺并为明朝名刹，然而至明朝成化，嘉靖年间，寺庙荒败凄凉，香火几近灭绝。

1600年至1606年，栖霞寺住持明通在“三空法师”僧定和明代宦官中贵人客仲的襄助筹划下，对栖霞寺进行了历时7年的大规模修复。

经过修复，栖霞寺的山门、天王殿、大雄殿、祖师殿、伽蓝殿、藏经楼、韦驮殿、接引殿、三圣殿、地藏殿、鹿野堂、碧霞元君殿等建筑，鳞次栉比，金碧辉煌。

关于这次修复情况，明朝葛寅亮《金陵梵刹志》对此有详细的记载。

记载中称当时进入寺院山门，天王殿内新列四天王；再进为大雄殿，正面为释伽三身像，其背后为观音三身像，两侧回廊为十六尊罗汉像，皆庄严壮丽。

寺庙庭院中有两棵高大而又古老的银杏树，浓荫蔽日。在寺内，还有居士吴彬绘的五百阿罗汉画像，明朝文人焦竑、董其昌、顾起元均对画像有极高评价。

[旁注]

衡阳寺：位于南京市栖霞区，坐落于栖霞山西南秦家边南象山之阳。初名为宝城寺，毁于20世纪30年代。

鳞次栉比：像鱼鳞和梳子齿那样有次序地排列着。多用来形容房屋或船只等排列得很密很整齐。

葛寅亮，字冰鉴，号屺瞻。明代官员。钱塘今浙江杭州人。1601年进士，1607年主持南京祠部，先后为报恩、栖霞、瓦官、天界四个寺庙撰写碑文十通，编着有《金陵梵刹志》。

焦竑（1540年～1620年），字弱侯，号漪园、澹园，祖籍照市东港区西湖镇大花崖。明万历进士第一，官翰林院修撰，后曾任南京司业。明代著名学者，著作甚丰，有《澹园集》、《焦氏笔乘》、《焦氏类村》、《国朝献征录》等。

顾起元（1565年～1628年），字太初，一作璘初、瞒初，号遁园居士，江苏南京人。明代官员、金石家、书法家。1598年进士，官至吏部左侍郎，兼翰林院侍读学。乞退后，筑遁园，闭门潜心著述。朝廷曾7次诏命为相，均婉辞之，卒谥文庄。著有《金陵古金石考》、《客座赘语》、《说略》等。

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据说，吴彬的《五百罗汉图》可查的有三种，一是吴彬为南京栖霞寺为所作，作于1601年，该画为绢本，原画已佚，只有台北故宫博物院藏有一幅罗汉图，卷末有“万历辛丑春敬写，施于栖霞禅寺供奉，枝隐庵头陀吴彬”，该画可能为栖霞寺所作。

除此之外，清宫旧藏有两本，一为吴彬摹李公麟的《五百罗汉》，并自题是“仿龙眠笔法”，其二是设色画《五百罗汉》，款为“枝隐头陀吴彬斋心拜写”，是吴彬自己创作而来。以上两作品台北故宫、美国弗利尔美术馆均有藏。