一、蒙古和硕特的兴起和对藏族的控制

和硕特部在漠西四部中是较为强盛的一部，与准噶尔部为邻，一六三七年（崇德二年）分道东迁。顾实汗（固始汗）图鲁拜琥率部迁至青海地区游牧。顾实汗弟巴噶斯率部迁徙到河套地区。顾实汗在一六三七年即遣使去盛京，向清朝进贡。顺治帝即位后，又遣使祝贺。顺治帝诏命顾实汗统辖诸厄鲁特。

明代蒙古和藏族地区关系密切。蒙古俺答汗曾请求明朝派遣藏族喇嘛去蒙古传布佛教，并在一五七八年（明万历六年）请宗喀巴弟子根敦主巴的第三世呼毕勒汗锁南嘉错去到青海。俺答汗赐给锁南嘉错以大批礼物，并封赠“达赖喇嘛”称号。“达赖”蒙古语意为海洋，是崇高的象征。按照转世的制度，锁南嘉错被称为三世达赖。追称前世根敦主巴为一世达赖，根敦嘉错为二世达赖。三世达赖也赠给俺答汗以“转十金法轮咱克喇瓦第·彻辰·汗” 的崇高宗教称号，并通过俺答汗向明廷贡纳方物，请求敕封。明神宗赐给僧衣、采缎、食茶等物，授予大觉禅师称号。三世达赖又自青海去鄂尔多斯蒙古地区传教。一五八八年（万历十六年），明朝加封三世达赖为大国师。次年，三世达赖病死。转世的四世达赖是生在青城（呼和浩特）的蒙古俺答汗的长孙、法名云丹嘉错。蒙古与藏族的关系更加密切了。

这时，藏族的喇嘛教仍存在不同的教派。被称为红教的传统旧派（红帽派）与宗喀巴创立的黄教格鲁派相互敌视。达赖喇嘛是格鲁派的领袖，住在拉萨的哲蚌寺。后藏地区只有日喀则的扎什伦布寺，由宗喀巴的另一弟子克主结转世的喇嘛主持，此外都还为红教所控制。四世达赖曾应邀到扎什伦布寺巡视。此后，扎什伦布寺的转世喇嘛只保持宗教上的领袖地位，而政治事务统属于前藏的达赖。但后藏地区的执政者第悉（摄政）对前藏也有政治权力。《蒙古源流》等书沿用蒙古人的习惯称谓，称他为“藏巴汗”，即“藏人的汗”。事实上，藏族中从来并没有过“汗”的称号。这时的“藏巴汗” 是彭错南杰，他与红教派相结合以反对黄教。四世达赖要把他的势力扩展到后藏，不能不和红教及藏巴汗发生冲突。一六一一年（明万历三十九年），四世达赖喇嘛回到拉萨哲蚌寺。彭错南杰也到了拉萨，谋求和解，但遭到黄教僧俗的抵制。四世达赖被迫逃到桑耶躲避纠纷。藏巴汗的势力却在发展，并吞了前藏的大部分地区。万历四十四年（一六一六年）十二月，四世达赖云丹嘉错病死。

转世的五世达赖罗桑嘉错，于一六一七年出生在帕木竹巴系的贵旅家庭。这时帕木竹巴在政治上已与后藏分离，宗教上仍奉红教。但罗桑嘉错出生的穷结家族却同情于黄教格鲁派。五世达赖是由这时主持扎布伦寺的罗桑却吉坚赞喇嘛寻认的。这时后藏的彭错南杰已死，子噶玛丹均继为藏巴汗，对转世的达赖予以抵制，对他与蒙古的关系深怀疑虑。一六二一年（清天命六年），蒙古军入藏，受到噶玛丹均的抵抗。噶玛丹均军万余人战败。罗桑却吉坚赞等出面向蒙古军请和，噶玛丹均军免遭屠戮。一六三一年（天聪五年），藏巴汗噶玛丹均又联合帕木竹巴等旧派贵族反对黄教，五世达赖被迫逃离拉萨。

一六三五年（天聪九年）秋，察哈尔蒙古却图部王子阿尔斯兰领兵来到拉萨。他支持红教的藏巴汗反对黄教。但出于掳掠的目的，他又去攻打藏巴汗，攻下日喀则和江孜，四出焚掠。阿尔斯兰因被告发而被他的父王下令杀死。顾实汗与准噶尔部的巴图鲁浑台吉联合消灭了蒙古却图部。顾实汗来到拉萨，五世达赖赠给他“持教法王”的宗教称号。顾实汗也对达赖属下的官员给予封号。顾实汗返回和硕特部后，一六三八年（崇德三年）曾遣使邀请五世达赖，但未能成行。藏巴汗对黄教的敌视，促使五世达赖和黄教格鲁派僧俗更加依靠蒙古的支持，并请求顾实汗出兵援助。一六四○年，顾实汗为了解除黄教在东部的威胁，出兵攻打康（喀木）区信奉本教的必里王。次年，征服康区六“岗”，必里王被杀。蒙古兵驻西藏中部，击败藏巴汗噶玛丹均的军兵。战争继续了七个月之后，一六四一年底，擒杀藏巴汗。次年，攻下了后藏首府日喀则。

在战争进行中，达赖喇嘛、藏巴汗和红教喇嘛噶玛巴曾分别上书清帝皇太极。携带信件的使者在一六四二年（崇德七年）十月到达盛京，住留八月，返回西藏。这时，藏巴汗已被处死。顾实汗授五世达赖罗桑嘉错以十三万户，扶立他为全藏的领袖，同时任命一名第巴（藏语，地方执政者）参予执政。一六四五年（顺治二年），又加给住持札什伦布寺的罗桑却吉坚赞以班禅的称号（四世班禅），分治后藏。班禅是“班第达·禅布”的省称，意为大圣者。

顺治帝即位后，即遣使往迎五世达赖。一六四六年（顺治三年），达赖遣使祝贺顺治帝即位。一六五二年十一月，五世达赖到达北京，朝见顺治帝。

次年二月离京返藏，顺治帝赐给金印，加封号为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”。达赖喇嘛得到清朝的封赠，统治全藏和各地喇嘛教。他在政治上受到蒙古和硕特部顾实汗的控制，但又可通过教权控驭蒙古诸部。一六五三年，顺治帝诏封顾实汗为“遵文行义敏慧顾实汗”，赐金册、印。次年，顾实汗返回拉萨，在哲蚌寺病死。

顾实汗之子达延汗等在一六五九年从青海到拉萨，不久即离去。顾实汗任命的第巴已死。五世达赖独专藏政，后藏贵族又发动叛乱。同年十二月，达延汗返回西藏，镇压了叛乱。并在次年七月，任命青海的济善驻藏参予执政。一六六八年（康熙七年），达延汗死，子达赖汗继位。一六七一年三月，在拉萨举行了即位庆典。一六七九年五世达赖自行委任桑结嘉错为第巴执政。一六八二年九月，五世达赖病死。第巴桑结嘉错掌管藏政，长期隐瞒五世达赖的死讯，仍以达赖的名义进行活动。这时，北方的蒙古准噶尔部在噶尔丹汗统治下，正在向外扩张。