一、阁部之争与癸巳京察

明制，吏部居六部之首，掌理官员选授封勋考课，直接向皇帝负责，权位特重。内阁诸臣以尚书衔兼殿阁大学士，协理朝政，与前朝宰相的最大区别，就在于不领铨选（《万历野获编》卷七）。万历以前，阁臣兼领吏部， 只是偶然出现的特例。神宗以冲年即位，张居正独揽朝政，吏部遂受命于内阁首辅。张居正死后，神宗亲政，削弱内阁，但吏部尚书杨巍遇事仍请命于阁臣。万历十八年（一五九○年）户部尚书宋壎改任吏部，遂力求摆脱内阁的控制，恢复吏部的权位。《明史·宋壎传》说他“绝请寄，奖廉抑贪，罪黠吏百余人，于执政（内阁）一无所关白。”《明史·陆光祖传》说：“时部权为内阁所夺，壎力矫之”。次年，宋壎卒于官。继任吏部尚书 陆光祖继承其志，对首辅申时行不予理会。旧例，吏部尚书与阁臣在途中相遇，不避让。以后内阁权重，吏部尚书须引避。陆光祖据理力争，遂又恢复旧例， 以提高吏部的地位。万历二十年（一五九二年），原南京吏部尚书继任京师吏部。《明史·孙■传》说：“自宋壎及光祖为政，权始归部，至■，守益坚”。首辅申时行于万历十九年三月致仕，继任首辅王家屏也于一年后致仕。原以礼部右侍郎引归的张位被起用入阁。二十一年（一五九三年）正月，阁臣王锡爵归省还朝，继为首辅。内阁大学士共三人：王、张与赵志皋（万历十九年九月以礼部尚书入阁）。《明史·张位传》说：“时黜陟权尽还吏部， 政府（内阁）不得侵挠，位深憾之”。张位建议把原来由吏部廷推大臣，改为九卿各举一人类奏，由皇帝裁用。得神宗诏准。内阁与吏部的权力之争， 仍在继续。

这年（癸巳年）三月，实行京察。例由吏部尚书孙■主持其事。吏部考功郎中赵南星、左都御史李世达协理。这次京察，史称“秉公澄汰”，“无所徇私”。孙■的外甥吏部文选郎吕胤昌、赵南星的姻亲都给事中王三余， 均被斥黜。阁臣赵志皋之弟也在被贬斥的官员之中。许多由阁臣任用的私人， 也因不称职而被黜。前此的京察，对官员的去留，先告知阁臣，再上奏皇帝。孙■、赵南星等有意矫正此事，为吏部夺权，不经内阁，直接将察疏上奏神宗。首辅王锡爵原想有所庇护，察疏已上，无以为计。

明制，京察之后，言官仍可纠弹没有被察议的官员，称为“拾遗”。言官劾论吏部稽勋司员外郎虞淳熙、兵部职方郎中杨于庭、主事袁黄，孙■为虞、杨说解，只黜袁黄。刑科给事中刘道隆迎合内阁，遂上疏劾奏吏部非体。孙■回奏说：“臣不忍以功为罪。若知其无罪，以科道之言而去之，昧心欺君，臣不能为”。神宗怒孙■不引罪自责，罚俸三月。内阁遂拟旨切责吏部专权结党。孙■愤而上疏自辩，说：“今以留二庶僚为专权，则无往非专矣。以留二京职为结党，则无往非党矣。”（《明史纪事本末》卷六十六）辞官乞休。礼部署员外郎事陈泰来上长篇奏疏，说他历官四任，目睹四次京察， 都没有像今春这样“旁咨博采，覈实称情，邪陷尽屏，贪墨必汰”。他在疏中直接揭露阁部之争，说：“今除奸祛蠹之功未偿，而以怜才为过。割情捐爱之义不称而以品评为私。科臣或有独见，阁臣得无微指耶？”又说吏部权归内阁，始自高拱兼摄（代领）部事和张居正专擅国政。今借拾遗处分，“将来必挈权以阿阁臣而后为不专权，必植党以附阁臣而后为不结党”（《神宗实录》卷二五八）。神宗将陈泰来降级，发往极边。孙■罢免，赵南星削籍。吏科都给事中史孟麟也称病归里。礼部郎中于孔兼、主事顾允成、国子助教薛敷教等上疏申救，被指为“朋谋乱政”，各降三级，调外任。被言官弹劾的虞淳熙、杨于庭，罢职削籍。

此次争论中，首辅王锡爵也上疏乞休，神宗手诏慰留，说：“朕因新春积火上升，两目疼痛。卿可即出，待朕火愈，召卿面商国事。”（《神宗实录》卷二五八）神宗将国事委付内阁，以王锡爵为首的阁臣在癸巳京察中获得全胜，进而追究吏部官员。

吏部右侍郎赵用贤素与王锡爵不和。孙■罢免后数月，赵用贤也被罢免。起因只是他的女儿出生三月时曾许配吴家，其后又退婚改嫁蒋氏。这原来只是家庭细事，却成为朝臣互攻的依据。吴家控讼赵用贤“论财逐婿”。赵用贤上疏自辩。王锡爵疏议“宜听用贤引疾”，遂被免职归里。户部郎中杨应宿力诋赵用贤，仍请治罪。都御史李世达力陈赵用贤无罪，杨应宿谄谀，遭到杨应宿等的反击。癸巳京察中，李世达协助孙■，已为阁臣所不满。至此， 获准致仕，吏部行人司行人（官名）高攀龙上疏指杨应宿谄谀阁臣。杨应宿上疏反击高攀龙。高攀龙又上疏说，大臣则孙■、李世达、赵用贤罢去，小臣则赵南星、陈泰来、顾允成、于孔兼等贬斥，为（皇上）圣德累不小。神宗将杨应宿、高攀龙俱贬官外调。

次年（一五九四年）五月，王锡爵引疾致仕。廷推阁臣。吏部尚书陈有年推举被神宗罢免的前任首辅王家屏。神宗不纳，以礼部尚书、国史副总裁陈于陛与原任南京礼部尚书、国史副总裁沈一贯二人入阁。陈有年因请致仕。参预此事的吏部文选司郎中顾宪成也被削籍归里。都察院左都御史孙丕扬继任吏部尚书。