生理因素，又称生物学基础。

主要是指遗传、体质、解剖结构、生理、生化和病毒等对心理障碍产生与发展起作用的因素。大量研究资料表明，在神经症中，遗传占有十分重要的地位。家里有心理障碍患者，其子女、亲属患心理障碍的几率比家里人正常的要高得多。近期研究发现，当人脑右半球机能受到损伤，人就表现出情绪高涨、多话、兴奋多于抑制；相反，如果左半球受到伤害，就表现为情绪低落、沉默寡言、自责自罪等不正常的心理现象。另外，生理的迅速变化， 特别是性机能逐渐成熟，往往会给学生带来心理上的惶惶不安，从而影响心理的发展。

总之，现代科学技术证明，心理异常、心理障碍表现有许多与人的遗传、大脑的发育、神经生化代谢及中学生身心发育有着密切的关系，这些是心理异常现象产生的生物学因素。