切割复杂的山地

武夷山自然保护区座落在武夷山脉的最高地段，平均海拔 1200 米左右，

最高峰黄岗山海拔高达 2 158 米，成为阻拦冬季来自北方冷空气的一道天然屏障；夏季由东部海洋暖湿气流带来的大量水汽深入本区后，也在此被阻隔冷凝而形成丰沛的降水。一般年平均降水量达 2 000 毫米左右，年平均气温13～14℃，相对湿度为 80～85％，是福建省降水量最多、相对湿度最大的地区。

武夷山脉的地形十分复杂，山脉断裂构造的发育，把武夷山切割成许多高差悬殊的山块和峡谷，从顶峰黄岗山到谷底高差可达 1700 多米。山谷中的溪流长期不断侵蚀，形成一些山间小盆地。这种岭谷与盆地镶嵌交错的复杂地形，直接影响着水热组合的重新再分配，并形成多种生态环境，为适应各种生境的生物生存创造了条件。